@Stefan
An den Konfigurationsdateien aus der MC habe ich keine Änderungen vorgenommen.
Software, die in den Ordner schreibt gibt es nicht. Ich kopiere momentan alles händisch in den Ordner.
Es gab aus der Erstinstallation (s. Beitrag hier) eine Aufgabe auf der Syno, die jede Nacht einmalig die neuen Dokumente in einen anderen Ordner, auf den auch mein StB Zugriff hat, kopiert. Die Aufgabe ist aber deaktiviert. Meine Vermutung war, das es hierdurch vielleicht zu Konflikten hätte kommen können. Wobei der Job um Mitternacht lief und zu dieser Zeit vermutlich niemand jemals Paperless nutzen wird 
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Als Scanner kommt ein Brother ADS-4700W zum Einsatz. Ich habe zwischenzeitlich von WLAN-Betrieb auf LAN-Betrieb umgestellt. Die Fehlermeldung ist aber über beide Anbindungen identisch.
Gestern habe ich zum ersten Mal mehrere Dokumente (alle 1-seitig) gleichzeitig in scanput verschoben. In der Folge gab es über 40 Meldungen bezüglich fehlgeschlagener Importe. Was mir aber auch in dem Kontext aufgefallen ist:
Paperless importierte alle Dokumente initial ohne Probleme. Erst danach versucht es die Dokumente nochmal zu importieren, und es kommt zu den Fehlermeldungen. Als ob im Hintergrund noch eine Aufgabe in Paperless läuft oder Paperless nicht mitkriegt, dass die Aufgabe bereits erledigt ist. Soweit mein laienhafter Erklärungsversuch. Vielleicht hilft das?
VG
Markus