Bei einem Einzelunternehmen würde ich es vermutlich nicht ganz so streng trennen.
Ich kann dir sagen, wie ich es bei meiner GmbH halte: Separates NAS für die Firma 
Zu deinen Fragen:
Da habe ich selbst ein Tool programmiert, das den Sync von paperless-ngx zu lexoffice übernimmt. Siehe hier. Dazu kommt in Kürze auch ein Kurs (Einrichtung, Nutzung, usw.)
Ich mache es genau anders herum. Der Scanner hat einen Shortcut für lexoffice, scannt dann aber direkt zu paperless mit einem bestimmten Tag. Das Dokument wird dann automatisch von dem Tool (siehe oben) zu lexoffice gepushed.