Vor dem export ruft man halt den sanity_checker auf, der sagt einem weniger kryptisch ob der export Probleme machen wird oder nicht.
sudo docker exec containername document_sanity_checker
Aber auch so ist die Fehlermeldung klar: im originals Verzeichnis ist die Datei 00000…4.pdf nicht vorhanden, in der Datenbank gibt es sie aber noch. Das musst du vorher bereinigen.