Es ist nur eine Vermutung und mir fehlen auch die realen Erfahrungen aber bei den PDF E-Rechnungen könnte es sich um ZUGFeRD-Rechnungen handeln. (Was ist eine ZUGFeRD-Rechnung? / Wofür steht ZUGFeRD? | E-Rechnung in der Bundesverwaltung)
Dabei werden mehrere Dateiformate, die für die E-Rechnung wichtig sind, im PDF “versteckt”, inklusive der Möglichkeit ein eigenes Firmenlogo einzubetten. Da Paperless auch Anhänge in unterschiedlichen Formaten erkennen kann, vermute ich mal, dass es daher zu dem von dir beschriebenen Phänomen kommt.