Das liegt ziemlich sicher daran, dass inotifywait nicht unter Windows funktioniert.
Du kannst allerdings Polling aktivieren, dann wird alle paar Sekunden nach neuen Dokumenten gesucht. Wie das geht, steht in der Dokumentation:
Polling
PAPERLESS_CONSUMER_POLLING=<num>
If paperless won’t find documents added to your consume folder, it might not be able to automatically detect filesystem changes. In that case, specify a polling interval in seconds here, which will then cause paperless to periodically check your consumption directory for changes. This will also disable listening for file system changes with inotify.
Defaults to 0, which disables polling and uses filesystem notifications.